Se realizó un estudio de la eliminación de DQO y nitrógeno de las aguas residuales avícolas en fotobiorreactores para establecer las condiciones de operación de se realizó un diseño de experimentos 3k con dos factores flujo de aire (1.6, 3.2 y 4.8 L m-1) e intensidad de luz (3200, 9800 y 12 000 lux) en Medio Bold Basal una vez establecidas las condiciones de flujo de aire se efectuó un diseño experimental 3k con agua residual de una industria avícola los factores de estudio fueron DQO (50, 75 y 100%) e intensidad de luz (3200, 9800 y 12000 lux) posteriormente se realizó una extracción de lípidos, con los lípidos obtenidos se realizó obtuvo biodiesel realizando una transesterificación enzimática con lipasa Acrílica cándida antárctica B. Se realizó un diseño de experimentos 2k donde los factores estudiados fueron temperatura (35, 45 °C) y relación molar (1:6 y 1:9) y una vez establecidas las mejores condiciones de temperatura se realizó el segundo diseño de experimentos en el cual los factores a estudiar fueron relación molar (1:6 y 1:9) y concentración del biocatalizador (0.5 y 1 % de enzima). Se encontró que la intensidad de luz tiene un efecto significativo sobre la densidad celular y la producción de proteínas, pigmentos y lípidos. Al aumentar la intensidad de luz, la producción de todos los parámetros aumentó ya que las microalgas son microorganismos fotosintéticos. El flujo de aire afectó la producción de pigmentos, y el desarrollo de pigmentos estaba relacionado a la fuente de carbono que los alimentaba. La combinación de bacterias y Chlorella vulgaris en aguas residuales favoreció la eliminación de DQO y el proceso de nitrificación. Los lípidos obtenidos cumplieron con la normatividad mexicana en aceites y grasas de origen animal o vegetal, por lo tanto, viables para la producción de biodiesel. Las condiciones a las que se obtuvieron los mejores resultados al realizar la transesterificación enzimática con lipasa B cándida antárctica fue a una temperatura de reacción de 35°C, empleando 1% en peso de enzima con una relación molar de aceite – metanol de 1:6 en un tiempo de reacción de 8 horas alcanzando un 83.3% de rendimiento.