El principio de operación de una celda de combustible tiene ya bastante tiempo. Este principio fue introducido por dos investigadores (Christian Friedrich Schönberg y William Grove) en 1839. El principio está basado en la reacción entre dos gases: hidrógeno usado como combustible y oxigeno usado como oxidante. La operación principal de la celda de combustible es relativamente sencilla: puede ser descrita como electrolisis inversa. Las celdas pueden trabajar con diferentes tipos de combustibles, debido a sus propiedades el hidrógeno es la mejor opción principalmente por su rendimiento y emisión de CO. El biohidrógeno producido con un biodigestor contiene hidrógeno a una pureza del 70% aproximadamente, junto con otros componentes como se muestra en la tabla 1 que en su mayoría es CO2 y gas metano los cuales envenenan el platino de la celda reduciendo su ciclo de vida a solo unas horas.